5 avtomatizirana karyotyping programska oprema za preslikavo kromosomov

Kariotipiranje je proces urejanja in združevanja vseh kromosomov, ki jih najdemo v organizmu, da bi dobili celovit pogled na celoten kromosomski zemljevid posameznika.

Toda najprej poskrbimo, da bomo razumeli, kaj so kromosomi na prvem mestu. Kromosomi so strukture, ki so podobne niti, ki jih vsebuje jedro vsake celice vašega telesa.

Vsaka struktura kromosoma vsebuje celoten genetski informacijski načrt vašega telesa. To narekuje, kako je vaše telo strukturirano, reagira na dražljaje, nagnjenost k boleznim itd. Ženske imajo 2 'X' kromosoma, moški pa imajo en 'X' in en 'Y' kromosom. Vsaka celica vašega telesa vsebuje 23 parov kromosomov, skupaj 46 kromosomov.

Da bi raziskovalci lahko razumeli zaporedja kromosomov vsakega pacienta, uporabljajo programsko opremo za kariotipiranje . Ta vrsta programske opreme je zasnovana za izvajanje analize kromosomov in ocenjuje strukturo in število kromosomov osebe. S tem lahko raziskovalci in znanstveniki odkrijejo nepravilnosti.

V tem članku bomo raziskali nekaj odličnih programskih možnosti, ki vam omogočajo izvajanje analize kariotipov.

Najboljših 5 avtomatiziranih orodij za kariotipiranje, ki jih bodo uporabljali leta 2019

1

ArgusSoft

ArgusSoft je odlična programska možnost, ki vam omogoča samodejno kariotipiranje človeških kromosomov po pasu in se lahko uporablja tudi za kariotipiranje živali in rastlinskih kromosomov na spletu.

Ključne funkcije:

• G, Q, R barvanje
• Avtomatizirana kariotizacija človeških kromosomov s prepoznavanjem krivin
• Avtomatizirana kariotizacija kromosomov prašičev
• 3 vgrajene osnove standardnih ideogramov človeških kromosomov z različnimi stopnjami čistosti - 400, 550 in 850 \ t
• Lahko doda baze standardnih kromosomskih ideogramov za druge živalske in rastlinske vrste
• Metode priprave vzorcev
• Vnos slik metafazne plošče s fotoaparatom in optičnim bralnikom
• Spremljanje slike z grafiko
• Avtomatizirana delitev uporabljenih in kontaktnih kromosomov
• Primerjava kromosomov in ideogramov

Uporabite lahko tudi ArgusSoft za usposabljanje sistema za prepoznavanje kromosomov z vnaprej pripravljenimi pripravami, lahko prenesete slike metafaznih plošč in kariograme v vgrajeno zbirko podatkov, lahko pripravite vzorce poročil, popravite kariograme in shranite ter natisnete slike in rezultate analize.

Lahko dobite usposabljanje in podporo za uporabo ArgusSoft na njihovi uradni spletni strani. Podporni center vključuje usposabljanje, vzdrževanje in svetovalne storitve.

Poskusite ArgusSoft

2

HiBand, ki ga uporablja Applied Spectral Imaging

HiBand je programska oprema, ki jo je ustvaril Applied Spectral Imaging, ki lahko opravi napredno analizo kromosomov z uporabo funkcij digitalne kariotipizacije. Ta programska oprema

uporablja samodejne funkcije skeniranja za poglobljeno analizo strukture kromosomov.

Za indeksiranje, štetje, shranjevanje in upravljanje podatkov o rezultatih lahko uporabite široko paleto funkcij, ki jih najdete v HiBandu. Lahko uporabite tudi to zmogljivo programsko opremo za samodejno skeniranje kromosomskega zaporedja.

Rezultate, pridobljene z uporabo karyotyping funkcij, ki jih najdemo HiBand, lahko shranimo na varno mesto z zaščitenimi z geslom in šifriranimi sloji. To vam omogoča brezskrbnost glede izgube pomembnih podatkov o zaporedju in zaradi tega tudi izboljša učinkovitost vašega laboratorija.

Razvrščanje rezultatov poteka na zelo enostaven način, samo poiščite določeno zaporedje kromosomov in vsi rezultati so prikazani v dobro zaprtem zaslonu, ki omogoča enostaven dostop za spreminjanje, pregledovanje in dodajanje oznak datotek.

Ključne funkcije:

• Brightfield Karyotyping-G-Band in R-Band
• Fluorescenčni kariotip-Q-pas, R-pas in FISH
• Spektralna kariotipizacija
• Samodejno štetje kromosomov
• Indeksiranje in razvrščanje kromosomov
• Napredno ločevanje kromosomov in napredna izboljšava slike
• Galerija slik - lahko predstavi vse primere metafaz in kariotipov na enem zaslonu
• Lahko primerja kromosome - glej jih drug ob drugem
• Abberant Ideogram - v generator slike lahko dodate kromosome, celice, ideograme in opombe

HiBand uporablja popolnoma avtomatizirane delovne postopke za povečanje učinkovitosti laboratorija, ima funkcije za skeniranje "start-and-walk-away", najde metafaze, samodejno bere črtne kode, nalaga slike v realnem času med pregledovanjem diapozitivov in tudi izvozi v laboratorij LIS Central Portal in Baza podatkov.

Poskusite HiBand

3

Ikaros s strani MetaSystems

Ta karyotyping sistem ima zelo intuitiven uporabniški vmesnik, ki ponuja vse funkcije na enem zaslonu. To omogoča enostaven in hiter dostop do vseh pridobljenih informacij.

Ikaros se lahko uporablja z Neonom, ki je platforma za pomoč pri slikovnih podatkih in organizaciji primerov. Neon zbira podatke iz vseh delovnih mest za obdelavo slik, zunanjih virov in vam omogoča, da jih predstavite na enostaven način z uporabo nadzorne plošče za upravljanje primerov.

To orodje vam omogoča, da vedno imate na voljo pomembne informacije in jih shranite na varen način, vendar uporablja zelo močne algoritme za upravljanje podatkov, ima lepe načine za opazovanje podatkov in lahko zagotavljajo specifična iskanja na podlagi ključnih besed in podatkovnih značilnosti.

Oglejte si več informacij o Neonu in njegovih funkcijah tukaj .

Ikaros podpira veliko različnih tehnik vezanja - Brightfield G-Band in R-Band, fluorescenčni Q-pas, R-Band in FISH -, ponuja veliko število pred-definira kariogramskih oblik za ljudi, rastline in živali. Te obrazce lahko preprosto urejate, če želite dodati podatke, potrebne za vrsto raziskave, ki jo opravljate.

Dejstvo, da lahko primerjate kromosome z razredom ali s kariogrami, vam ponuja zelo koristne informacije, ki vam omogočajo enostavno prepoznavanje razlik.

Poskusite Ikaros

4

MetaClass po Microptic

MetaClass je odlična karyotyoping programska oprema, ki je zasnovana modularno. Ta programska oprema vam pomaga izvesti kariotipiranje in FISH študije kromosomov.

MetaClass je oblikovan iz naslednjih modulov:

• MetaClass Database

Baza podatkov, ki jo je mogoče namestiti s katerim koli modulom MetaClass. Omogoča shranjevanje podrobnosti o bolniku in omogoča enostaven dostop do rezultatov. S tem modulom lahko izdelate poročila po meri v katerem koli jeziku.

• MetaClass Karyotyping

Omogoča vam, da preučite kariotip, potem ko so slike metafaze pripravljene na digitalni način in jih razvrstite v pare glede na velikost, položaj, itd. Ta modul vam daje odlične rezultate pri kromosomskih pasovih, lahko pa tudi vam priskrbimo strokovna poročila.

Glavne funkcije vključujejo:

• Proučevanje kariotipa se analizira pri 100-kratni povečavi svetlega polja
• Lahko posname več metafaznih slik
• Kakovost slike je mogoče spremeniti za jasnejše rezultate
• Avtomatska klasifikacija kromosomov
• 4 ogleda zaslona - okno metafaze, kariotipa in nerazvrščenih kromosomov
• Lahko prikaže kromosomske prototipe
• Kromosomi, ki niso klasificirani, se lahko samodejno ali ročno popravijo - prekrivanja, ločevanje, križanja, rotacije itd.
• Datoteke sej MTC ali slike BMP se lahko kadarkoli shranijo in ponovno naložijo
• Lahko izvozi posamezne kromosome v bazo podatkov Metaclass z možnostjo dodajanja komentarjev in opomb

Tukaj je primer poročila o kariotiranju Metaclass.

• MetaClass FISH

To je modul za analizo, ki vam omogoča, da pridobite sliko Fluorescent IN SITU Hybridization (FISH). Ta modul zajema slike s fluorescenčnimi sondami DNA in vam omogoča potrditev genetskih nepravilnosti - trisomije, mokrodelicije, kromosomske preureditve itd.

FISH slike so analizirane pod 100-kratno povečavo in za širšo sliko lahko zajemajo tudi slike z različnimi filtri.

Če vas zanima več informacij o zgoraj predstavljenih modulih in drugih funkcijah, si lahko ogledate katalog MetaClass.

Če ste radovedni tip in želite videti poročilo, pridobljeno z metodo FISH, lahko

vzorčna datoteka PDF.

Poskusite MetaClass

5

GenASis Bandview

GenASis Bandview je še ena odlična karyotyping programska oprema, ki je zgrajena iz modulov z različnimi capabitiliti. S to aplikacijo lahko izvedete diagnostiko kariotipa in pridobite natančne rezultate testov.

Ta programska oprema vam omogoča, da v celoti prilagodite potek dela in postopek diagnoze, odvisno od potreb vašega podjetja in ciljev, ki jih želite doseči.

Širok spekter orodij, ki so na voljo v programu BandView, so zlahka dostopni z enim samim klikom miške in ponuja zmogljivo G / R / C / Q-Band karyotyping izkušnjo. Izbirate lahko med samodejnim ali ročnim delovnim procesom, ko gre za iskanje metafaz in zajemanje slik.

Kromosomske nenormalnosti, če jih najdemo, lahko opazimo z dodajanjem, izbrisom ali prerazporeditvijo pacientovega genskega materiala. Z BandViewom lahko uporabite trak FISH molekularne tehnike.

FISH uporablja fluorescentne sonde, ki se vežejo na različne dele kromosoma, kar omogoča, da programska oprema zazna in lokalizira abnormalite, ki jih najdemo v določenih zaporedjih DNA.

Poskusite GenASis Bandview

Zaključek

V tem članku smo raziskali nekaj najboljših avtomatiziranih programov za kariotipiranje, ki obstajajo na trgu konec leta 2018.

Karyotyping programske možnosti, opisane v tem članku, vam ponujajo različne funkcije, ki vam bodo pomagale doseči cilje vašega podjetja.

Z uporabo te vrste programske opreme lahko hitro izračunate na tisoče struktur kromosomov, jih analizirate z različnimi profesionalnimi tehnikami in izdelate poročila visoke stopnje, ki vam omogočajo, da z lahkoto ugotovite morebitne nepravilnosti.

Radi bi izvedeli, kakšno je vaše mnenje glede programske opreme, ki smo jo predstavili na tem top 5 seznamu. Prosimo, da nas obvestite z uporabo spodnjega oddelka za komentarje.

POVEZANE SMERNICE, KI JIH JE TREBA IZPOLNITI:

• Potrebujete programsko opremo za raziskovanje akademskih raziskav? Tukaj je 5 orodij
• 5 najboljša programska oprema za akademsko pisanje
• 10 najboljših programskih rešitev za odkrivanje kopij v letu 2019